Základní fyzikální praktikum
... vše o fyzikálním praktiku najdete právě na těchto stránkách
UK • MFF • KVOF
Uživatelské nástroje
zadani:335
Rozdíly
Zde můžete vidět rozdíly mezi vybranou verzí a aktuální verzí dané stránky.
| Obě strany předchozí revize Předchozí verze Následující verze | Předchozí verze | ||
|
zadani:335 [12.01.2024 10:42] Kudrnová Hana Mgr. |
zadani:335 [ 3.04.2025 14:58] (aktuální) Kudrnová Hana Mgr. |
||
|---|---|---|---|
| Řádek 1: | Řádek 1: | ||
| ====== (35) Fluorescenční mikroskop ====== | ====== (35) Fluorescenční mikroskop ====== | ||
| - | {{:zadani:texty:txt_335.pdf|Studijní text}} | + | {{:zadani:texty:txt_335.pdf|Studijní text}} |
| ===== Pracovní úkol ===== | ===== Pracovní úkol ===== | ||
| Řádek 9: | Řádek 9: | ||
| - Srovnejte okem zobrazení v transmisi a v emisi, diskutujte rozdíly. | - Srovnejte okem zobrazení v transmisi a v emisi, diskutujte rozdíly. | ||
| - Nastavte parametry snímání kamerou, aby barvy a intenzity odpovídaly pozorování okem v okuláru. Uložte snímek vzorku. Popište do protokolu. | - Nastavte parametry snímání kamerou, aby barvy a intenzity odpovídaly pozorování okem v okuláru. Uložte snímek vzorku. Popište do protokolu. | ||
| - | - S použitím sub-difrakčně malých fluorescenčních kuliček změřte bodovou rozptylovou funkci mikroskopu. | + | - S použitím sub-difrakčně malých fluorescenčních kuliček změřte bodovou rozptylovou funkci mikroskopu, kuličky lokalizujte. |
| - Připravte vzorek A, nalezněte kuličky, zobrazte v emisi a transmisi. Diskutujte výhodu fluorescenčního pozorování na tmavém pozadí. | - Připravte vzorek A, nalezněte kuličky, zobrazte v emisi a transmisi. Diskutujte výhodu fluorescenčního pozorování na tmavém pozadí. | ||
| - | - Proměřte 3D prostorovou závislost bodové rozptylové funkce (PSF) určené z emise jednotlivých kuliček. Změřte 11 xy řezů pro vzdálenosti od ohniska (z v oblasti cca -10 mikrom až +10 mikrom). | + | - Proměřte 3D prostorovou závislost bodové rozptylové funkce (PSF) určené z emise jednotlivých kuliček. Změřte cca 7 xy řezů pro vzdálenosti od ostrého obrazu (z v oblasti cca -3 μm až +3 μm). |
| - Měřením vzdálenosti v měřícím programu zkalibrujte obraz (vzdálenost na pixel). | - Měřením vzdálenosti v měřícím programu zkalibrujte obraz (vzdálenost na pixel). | ||
| - | - Přímo v praktiku analyzujte pomocí programu ImageJ PSF ve třech rovinách z (z<0, z=0, z>0), vykreslete. | + | - Přímo v praktiku analyzujte pomocí programu ImageJ PSF ve třech rovinách z (z<0, z=0, z>0), vykreslete. Diskutujte symetrii (v xy) a asymetii (v z), vysvětlete. |
| - | - Určete rozlišení Rayleighovým kritériem. Srovnejte s teoretickou hodnotou pro známou emisní délku barviva Nile Red 660 nm a numerickou aperturu použitého objektivu. | + | - Určete rozlišení Rayleighovým kritériem. Srovnejte s teoretickou hodnotou pro známou emisní délku barviva Nile Red 660 nm a numerickou aperturu použitého objektivu (viz studijní text). |
| + | - Proložte PSF vhodnou funkcí maxima a pokuste se některou z kuliček A lokalizovat. Diskutujte přesnost lokalizace. | ||
| - Použijte mikroskop k měření nanometrových vzdáleností metodou FRET. | - Použijte mikroskop k měření nanometrových vzdáleností metodou FRET. | ||
| - | - Připravte vzorky kuliček B1, B2 dle pokynů. | + | - Nalezněte označené kuličky ve vzorcích B1 a B2. |
| - Uložte obraz fluorescence obou vzorků s dostatečným počtem kuliček dle pokynů. | - Uložte obraz fluorescence obou vzorků s dostatečným počtem kuliček dle pokynů. | ||
| - | - Určete rozdělení barvy emise kuliček vzorků B1 a B2. Zpracujte formou histogramu pro relativní intenzitu v zeleném a červeném RGB kanálu emise. Zpracujte výsledky graficky. | + | - Určete rozdělení barvy emise kuliček vzorků B1 a B2. Zpracujte graficky formou histogramů pro relativní intenzitu v zeleném a červeném RGB kanálu emise. |
| - Diskutujte výsledná rozdělení. Odpovídá histogram očekávanému počtu vzdáleností barviv Cy3 a Cy5 v měřených vzorcích? Jste schopni rozlišit vzdálenost 4 a 20 bázových párů DNA? Je možné z měření určit účinnost přenosu excitace (za předpokladu E=1 pro 4 bázové páry a E=0 pro vzorek B1), nebo je třeba znát další parametry detekce? | - Diskutujte výsledná rozdělení. Odpovídá histogram očekávanému počtu vzdáleností barviv Cy3 a Cy5 v měřených vzorcích? Jste schopni rozlišit vzdálenost 4 a 20 bázových párů DNA? Je možné z měření určit účinnost přenosu excitace (za předpokladu E=1 pro 4 bázové páry a E=0 pro vzorek B1), nebo je třeba znát další parametry detekce? | ||
| - Srovnáním šíře histogramů s křivkou citlivosti na vzdálenost barviv (Obr. 5 studijního textu) odhadněte rozlišení a rozsah měřitelných vzdáleností touto metodou. | - Srovnáním šíře histogramů s křivkou citlivosti na vzdálenost barviv (Obr. 5 studijního textu) odhadněte rozlišení a rozsah měřitelných vzdáleností touto metodou. | ||
| Řádek 30: | Řádek 31: | ||
| Fluorescence, rozlišení fluorescenční mikroskopie, difrakční limit, bodová zobrazovací funkce | Fluorescence, rozlišení fluorescenční mikroskopie, difrakční limit, bodová zobrazovací funkce | ||
| - | **{{:zadani:pokyny:mereni_335.pdf|Pokyny k měření}}** | + | **{{:zadani:pokyny:mereni_335.pdf|Pokyny k měření}}** |
zadani/335.1705052548.txt.gz · Poslední úprava: 12.01.2024 10:42 autor: Kudrnová Hana Mgr.
Nástroje pro stránku
