Formulář aplikace
Ukázka zpracování fotografie
V mikrobiologických kultivačních miskách se pozoruje účinnost různých druhů antibiotik na daný bakteriologický kmen. Dno misky je pokrytno roztokem (agarem), na kterém rostou bakterie. Účinnost příslušného antibiotika odpovídá oblasti, v níž antibiotikum interaguje s agarem. Tato oblast většinou zaujímá kruhový tvar.
Zápočtový program v IDL, který jsem napsal, umožňuje zpracovat fotografii kultivační misky a
usnadnit její vyhodnocení. Pomocí programu lze vyhledat středy všech antibiotik a přibližně
stanovit střední hodnotu poloměru aktivní zóny pro každé antibiotikum. Tím, že najde středy
antibiotik, zároveň určí počet testovaných antibiotik. Pro jejich snadnější identifikaci je lze
zobrazit ve zvětšených výřezech obrázku, kde se dá lehce přečíst identifikační kód na tabletce.
K ovládání programu slouží velmi jednoduchý formulář, který obsahuje čtyři tlačítka a plátno
k zobrazení fotografie. Tlačítka slouží postupně k načtení obrázku, nalezení a vykreslení
středů antibiotik, nalezení a vykreslení (procedura Kruznice) středních poloměrů aktivních
zón a k zobrazení detailů antibiotických tabletek.
Fotografie kultivačních misek jsou ve formátu .bmp o rozměru 1200x1160px. Pomocí procedury read_bmp se načtou do pole obr1[3,1200,1160] a dále se pracuje s tímto polem. Program sestává ze dvou hlavních algoritmů: algoritmu pro nalezení středů tabletek a algoritmu pro stanovení středního poloměru aktivní zóny příslušného antibiotika.
Algoritmus pro nalezení středů atb
Hledání středů antibiotik je založeno na faktu, že atb jsou nejsvětlejšími místy na fotografii.
Probíhá ve třech fázích. Nejprve se postupně po řádcích hledají body na obrázku, které mají
dostatečně světlé nejbližší okolí. Tyto body se nacházejí ve skupinách, z nichž každá odpovídá
jednomu antibiotiku. Ve druhém kroku se spočtou těžiště všech skupin, které už představují
přibližné středy atb. Nakonec v posledním kroku se z těchto těžišť vyšlou tři paprsky v různých
směrech a hledají se body na obvodu tabletky. Střed tabletky se potom stanoví jako střed kružnice
dané třemi body. K tomu složí procedura Kruznice3b.
Algoritmus pro stanovení středního poloměru aktivní zóny
Střední poloměr aktivní zóny se hledá následujícím způsobem. Z nalezeného středu antibiotika
se vyšlou paprsky s ekvidistantním úhlovým rozdělením. Počet paprsků a jejich délka jsou parametry
procedury. Přitom je třeba ošetřit, aby nedošlo k úniku paprsku z oblasti fotografie. Sečtením jasové informace
všech paprsků a vydělením příslušnými koeficienty se stanoví průměrná hodnota jasu v dané
vzdálenosti od středu antibiotika. V takto získaném radiálním průběhu jasové hodnoty lze již
poměrně dobře určit hranici aktivní zóny. Příslušná procedura byla vytvořena víceméně empiricky.
Zdrojový kód procedur, eventů a widgetů
Ukázkové fotografie(formát bmp, velikost 1foto cca 5MB)
