Doktorský projekt tří institucí má za cíl umožnit výběru nejlepších studentů doktorského studia další zkvalitnění jejich vzdělávání pod vedením týmem nejzkušenějších odborníků. Projekt je zaměřen především na široké zapojení studentů do činnosti společných pracovišť, podporu mezioborových disertačních prací a návaznost experimentální a teoretické fyziky. V rámci projektu budou organizovány semináře zaměřené jak vědecky, tak na doplňující vzdělávání v oblasti společenských a filozofických otázek spojených s moderní vědou. Významnou částí projektu jsou zahraniční pobyty a součinnost se špičkovými zahraničními pracovišti. Do týmu je navrženo 14 školitelů a 20 studentů. V rámci projektu budou řešeny práce, které jsou vysoce aktuální z hlediska současné fyziky a vývoje špičkových technologií, práce, které otvírají nové směry díky důrazu kladenému na multifunkčnost a komplexnost řešených problémů a nové teoretické přístupy. Doktorský projekt podpoří práce směřované do oblasti fyziky chemických a biologických systémů, nanostrukturních materiálů a nových analytických metod, u kterých je zaručen jejich další rozvoj. Při výběru vedení týmu se vycházelo především z vysoké odbornosti, zapojení do mezinárodních spoluprací a dosavadní úspěšnosti ve výchově doktorandů s cílem poskytnout studentům výchovu vedenou napříč širokým spektrem vědeckých problémů.