3. patro (KO Troja) obývá skupina vakuové fyziky, skupina fyziky tenkých vrstev, skupina nanomateriálů a KFPP. Rozdělení místností shrnuje následující tabulka:
| Číslo místnosti | Telefonní linka +420 9 5155 xxxx (příp. +420 2 2191 xxxx) |
Lidé |
|---|---|---|
| A 320 – konzultační místnost | 2298 | |
| A 322 – pracovna | 2541 | Urban, Kaňkovský |
| A 323 – dílna | 2327 | Ošťádal |
| A 325 – pracovna | 2336 | Ošťádal |
| A 326 – pracovna | 2250 | Sobotík |
| A 330 – pracovna | 2349 | Kocán |
| A 331 – pracovna | 2310 | Setvín |
| A 335 – pracovna | 2312 | Wild |
| A 336 – pracovna | 2731 | Mohandas, Nedumkulam, Oveysipoor, Xie |
| A 337 – pracovna | 2227 | Gronych |
| A 344 – pracovna | 2321 | Khalakhan, Vorochta M., Václavů |
| A 345 – pracovna | 2251 | Lobko, Nováková, Yakovlev |
| A 346 – laboratoř (mikroskop) | 2252 | Hrbek, Khalkhan, Kúš, Mašek, Matolínová, Mohandas, Nováková |
| A 343 – vakuová praktika / chemická laboratoř | 2311 | Gronych |
| A 341 – laboratoř vakuum | 2730 | — |
| A 334 – laboratoř vakuum | 2348 | — |
| A 333 – laboratoř | 2314 | Wild |
| A 332 – laboratoř STM | 2346 | Ošťádal, Sobotík |
| A 327 – laboratoř STM | 2342 | Alexander, Caldentey, Kuzmiak, Lopéz-Roso |
| A 324 – servery trojské počítačové sítě | 2254 | Urban, Kaňkovský |
| A 305 – vstup | 2144 | (chodba – výtahy) |
| VD – V -115 – laboratoř kryoSTM | 2697 | Alexander, Caldentey, Kuzmiak, Lopéz-Roso, Setvín |
| VD – V -116 – laboratoř STM | 2308 | Kocán, Ošťádal, Sobotík, Setvín |